Het gebied waar Beuningen ligt werd vroeger waarschijnlijk al door de Romeinen bewoond. In ieder geval worden er met regelmaat Romeinse opgravingen gedaan. Tot ongeveer 1900 was Beuningen, net zoals Ewijk en Winssen die tegenwoordig onder de gemeente Beuningen vallen, een arm boerendorp dat vaak door overstromingen getroffen werd. Toch waren er ook een behoorlijk aantal zeer goed bemiddelde families in Beuningen, met name grote boeren, die voor de hoogste belastingopbrengst in de streek zorgden.
In zijn huidige vorm is de gemeente Beuningen nog tamelijk jong: in 1980 werden de plaatsen Beuningen, Weurt, Ewijk en Winssen samengevoegd tot een gemeente die zich uitstrekt langs de zuidelijke oever van de Waal. Weurt, de meest oostelijke woonkern van de gemeente, ligt tegen Nijmegen aan. Via Beuningen en Ewijk bereikt men Winssen.
De gemeente telt ruim 25.000 inwoners. Dit aantal groeit de komende jaren nog, ook door woningbouw in Ewijk en Winssen. Door daarbij veel plaats in te ruimen voor water en groen ontstaat een geheel nieuw ruimtelijke beeld. Het karakter van de dorpen en het rijke verenigingsleven staan garant voor een goed woonklimaat.
In 2005 is de gemeente Beuningen gestart met het doorrekenen van haar projecten met behulp van de software van Reasult.